伤寒的病原体为伤寒杆菌。伤寒杆菌随污染食物进入消化道后，在小肠繁殖增生。细菌在胆囊内大量增殖，不断随胆汁排至肠道。病菌长期在胆囊存在，可使病人成为慢性带菌者，且常伴有慢性胆囊炎，为伤寒的重要传染源。部分随粪便排出体外，部分则经肠粘膜再次侵入肠壁组织发生坏死和溃疡。

        中医理论认为，湿温病邪由口鼻而入，主要蕴结脾胃而造成病损。本病初起以湿邪阻遏卫气为主要病理变化。湿热抑郁肌表则见头痛恶寒、身重疼痛、身热不扬等卫分证；脾胃受损、运化失常、湿邪停聚、阻遏气机，则见胸闷脘痞，舌苔厚腻等气分证。初起阶段，虽湿中蕴热，但多见湿重于热证。素体中阳偏旺者，则邪从热化而病变偏于阳明胃，素体中阳偏虚者，则邪从寒化而病变偏于太阴脾。病在太阴则湿重热轻，病在阳明，则湿轻热重。湿热化燥化火，即可深逼营血，血络受伤则出现斑疹及出血，肠络出血过多气随血脱而阳气外亡。热盛日久则耗损阴液而出现邪去正衰余邪未净之证。