阴道粘膜中最基础的细胞为底层中的内基底细胞，形小而圆，胞浆染成深蓝色，胞核大而松，胞浆边缘与胞核直径之比为1：1。最成熟的细胞为表层中的角化细胞，形大而方为多角形，胞浆色红，胞核小而致密，胞浆边缘与胞核直径之比为20：1。实验室检查根据阴道脱落细胞涂片中角化细胞所占百分率，可算出角化指数（CI）；按表层细胞致密核所占百分率，可算出致密核指数（KI）；按底层、中层、表层细胞在总脱落细胞中分别所占百分率，可算出成熟指数（MI）。临床上常根据上述指数估计体内雌激素的水平。
此外，阴道尚有自净作用，这是因为阴道粘膜受雌激素的作用合成糖原，此糖原经乳酸杆菌分解后产生乳酸，使阴道呈酸性（PH约为4-5），部分抑制细菌生长。