探讨半重叠式多重荧光多重引物PCR和基因扫描技术在T细胞淋巴瘤诊断中的应用.[方法]从普通石蜡切片组织标本中提取基因组DNA,用半重叠式多重荧光多重引物PCR扩增,利用DNA测序仪对其产物进行基因扫描分析.[结果]37例T细胞淋巴瘤中27例检测出有克隆性重排;25例B细胞淋巴瘤中2例呈阳性;10例何杰金氏淋巴瘤和7例反应性增生病例均呈阴性.[结论]在T细胞受体γ基……
1.3 引物选择 采用半巢式多重引物PCR方法对TCR-γ基因的重排进行检测.PCR所采用的通用引物包括覆盖所有可变区家族(V γ Ⅰ~V γ Ⅳ)的4个正向引物和连接链(J γ )的4个反向引物,引物序列见Table1.第2轮PCR中用V γ Ⅰ/B代替第1轮中的V γ Ⅰ/A,同时在4个正向引物的5′端均标记荧光染料,其中V γ Ⅰ,V γ Ⅳ标记同颜色荧光.用此多重引物扩增V γ Ⅰ~V γ Ⅳ的预期片段大小分别为260,180,160,150bp.因V γ Ⅰ与V γ Ⅳ的片段相差110bp,故虽为同颜色荧光,但并不影响相互区分.
1.4 半重叠式多重荧光多重引物PCR 向25μL反应体系中加入模板DNA、多重引物、Ampli Taq Gold聚合酶、dNTP、10×PCR缓冲液.PCR反应条 件:94℃变性5min,扩增温度94℃30s,65℃45s,72℃30s,共30个循环,最后72℃延伸7min.第2轮PCR中取1μL第1轮PCR的产物为模板,同时用荧光染料标记的正向引物替代第1轮中的相应引物.取5μL PCR产物在20g/L琼脂糖凝胶中电泳,同时加入PhiX174DNA分子质量标准,对PCR产物进行初步鉴定.
1.5 PCR产物序列测定 为验证本实验中所采用的半巢式多重引物PCR反应的有效性和准确性,取4例经Southern Blot证实有单克隆γ受体重排,并且经多重引物PCR后,其产物在琼脂糖凝胶电泳中片段大小有明显差异的T细胞淋巴瘤DNA样本(Fig1中Lane1,9,11,2的样本),进行基因扫描和基因序列测定.样本的准备:以基因组DNA为模板,用未作荧光标记的多重引物经半重叠式PCR后,取2.5μL PCR产物加入1μL ExoSAP(Amer-sham Biosciences),37℃孵育30min,去除多余的dNTPs和引物,再经80℃,20min灭活处理,用未做标记的正向引物进行DNA序列测定.
1.6 基因扫描 给用荧光引物扩增的PCR产物进行基因扫描,上样总量为5μL,其中含有0.5μL PCR产物、0.5μL碱基长度标准参照物(Genescan-500ROX,PE/Applied Biosystems)、2μL甲酰胺及0.5μL上样缓冲液.样本经95℃,2min变性处理后迅速置于冰块中冷却,上样至ABI DNA序列测定仪.PCR产物经分离胶分离后,用GENESCANTM672(ABI373A,Applied Biosystems,Weiterstadt,Germany)扫描分析软件进行分析.
2 结果
2.1 琼脂糖凝胶电泳 组织标本基因组DNA首先经β-球蛋白引物扩增,证实所提取的DNA样本可用于下游实验时,再用TCR-γ的多重引物进行半重叠式PCR,扩增产物用20g/L琼脂糖凝胶电泳作初步鉴定,结果见Fig1.