细菌性腹泻，例如可产生肠毒素的致病性大肠杆菌肠炎可不用或适量用抗生素。抗生素适合于侵袭性细菌感染，如志贺氏痢疾杆菌、空肠弯曲菌、沙门氏菌等。对于大便中混有粘液血便，大便镜检白细胞明显增多，伴有腹痛、里急后重者需要用抗生素。轻症病人可选用黄连素、庆大霉素口服，重症者可选用氟哌酸、氟嗪酸、环丙沙星、氨苄西林或多粘菌素E等，顽固耐药的鼠伤寒沙门菌，可选用第三代头孢菌素联合丁胺卡那霉素或环丙沙星（小儿慎用）。   

    出现腹泻，用抗生素可以杀灭病原微生物，但也会影响人体的正常菌群，甚至可能使急性腹泻转为慢性腹泻，况且有些腹泻是由病毒或寄生虫引起的，服用抗生素毫无效力。   

    病毒性感染引起的腹泻无特效药物，一般病程短，可以自愈，使用抗生素对治疗无益处。腹泻时滥用抗生素，易出现肠道菌群紊乱或继发真菌性肠炎，出现此种情况应给以微生态制剂如双歧杆菌活菌制剂，乳酸杆菌、粪链球菌活菌制剂，以扶植肠道正常菌，恢复正常微生态平衡。   

    感染性腹泻应根据病原菌的不同，选择适当药物，痢疾应给予痢特灵（呋喃唑酮），加甲氧苄胺嘧啶，分早晚２次口服；或用复方新诺明，早晚２次口服，疗程5～7天，疗程过短易复发。有致病性大肠杆菌引起的肠炎，可用多粘菌素Ｅ，分3～4次口服，或庆大霉素每日3～4次口服。疗程一般不超过7天，以防菌群失调引起肠炎。