感染乙肝病毒后，病毒在肝细胞中复制繁殖，血清中可检出与乙肝病毒感染相关的各种抗原抗体，医学上称为乙肝病毒检查（俗称两对半），常规可检出的为：表面抗原（HBsAg）、表面抗体（HB?鄄sAb）、E抗原（HBeAg）、E抗体（HBeAb）、抗核抗体（HBeAb）。其中HbsAg阳性， HBeAg阳性，抗HBc阳性，俗称大三阳；HbsAg阳性，抗HBe阳性，抗HBc阳性，俗称小三阳。乙肝大小三阳并不是规范的学术名词，但在患者中广泛流传，大三阳指乙肝病毒处于复制阶段，传染性较大，小三阳则表示病毒已基本停止复制，若乙肝病毒DNA阴性，则基本不再具有传染性。

　　近年来发现部分小三阳患者血清中乙肝病毒脱氧核糖核酸(HBV-DNA)阳性，同样具有传染性，证明是乙肝病毒出现了变异株。

　　病毒的标志与患者的病情是不平行的，病情的轻重与肝功能的好坏一致。幼儿时期感染乙肝病毒的前数年至十余年间，病毒和机体“和平共处”，血清中表现为大三阳，肝脏的损害通常较轻，有一部分被感染者，尤其是女性被感染者，病毒可长期或终身和机体“和平共处”，称为“病毒携带者”，可以生活到50-70岁以上，没有明显症状，并不一定因肝脏疾病病故，他们主要起着传染源的作用。而更多的被感染者在13－23岁，由于机体免疫系统的成熟，能识别受感染的肝细胞而出现清除这些受感染肝细胞的反应，大量病毒被清除，而同时被感染的肝细胞也遭到破坏，此反复的清除、破坏过程，也就是机体自身的自限性愈复（自愈）过程。若干年后病毒基本清除，血清中的E抗体出现，E抗原相继消失，也就是从大三阳转成了小三阳。

　　遗憾的是，有2/3左右被感染者，其自身的清除反应，不能完全清除肝内潜伏的病毒，病毒的复制、清除、肝脏的修复周而复始地进行，这部分被感染者的未来，则是肝脏不同程度的纤维化，部分病人40岁左右已发展为肝硬化，甚至出现了腹水或癌变，此时尽管转成了小三阳，也仅仅表示病毒被大多清除但肝脏损害已相当严重了。