探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组存在前-X基因.乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠,是基因组序列高度集中利用的一个典型.早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF),本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较,阐明基因组结构的特点,并探索是否存在新型ORF的可能性.考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的……
探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组存在前-X基因. 乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠,是基因组序列高度集中利用的一个典型. 早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF),本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较,阐明基因组结构的特点,并探索是否存在新型ORF的可能性.
考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的精确度,我们采用的技术是长距离且精确PCR(LA-PCR)技术,根据中国HBV患者的病毒基因序列设计PCR扩增用引物,自慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列,克隆入pGEM Teasy质粒,挑选克隆进行全基因组DNA测序,与其他HBV基因组序列进行比较.
测序结果提示来源于2个患者的5株HBV全基因组核苷酸序列在X基因之前存在一ORF,我们命名其为前-X(pre-X)区. 前-X区编码氨基酸与X蛋白融合表达, 该编码序列仅在adr血清型中有编码表现.
在HBV基因组中存在有一新的ORF,命名为前-X区,该区可能是一种HBV血清型特异性编码区.
乙型肝炎病毒(HBV)基因组全长3 200个核苷酸(nt)左右,为部分双链DNA病毒. Galibert et al [1,2]于1979年发表了HBV基因组的第一个全长核苷酸序列,长度为3 182 nt,血清型为ayw亚型,我国学者[3-5]于1984年报道了中国大陆流行的adr亚型全序列. Galibert et al [1]最初的研究将HBV基因组划分出4个开放读码框架(ORF),分别命名为S、C、P、X区. 1990年Loncarevic et al [6]克隆了一株adr血清型的HBV基因组,发现了前-X基因,并初步认为是adr血清型特异性的一段序列.Takahashi et al [7]于1995年的初步研究认为前-X区变异与肝细胞癌(HCC)的形成有关,之后在1998年发表[8]的研究报告中发现来源于HCC患者的40个全HBV基因序列中,有18株具有前-X基因,且均为adr血清型.我们应用长距离并且精确PCR技术(long and accurate PCR,LA-PCR)研究了乙型肝炎患者血清中存在的HBV病毒子基因组,证实前-X基因存在于中国大陆流行HBV株中.
应用的LA-PCR试剂成套试剂均购自日本Takara公司,pGEM Teasy载体、玻璃奶试剂、和琼脂糖凝胶为Promega公司产品,细菌JM109为本室保存,蛋白酶K为Merck公司产品,酚、氯仿、氨苄青霉素、X-gal等均为国产试剂.