引起尿路感染的致病菌以肠道细菌为最，大肠杆菌约占60～80%，其次以副大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌、产碱杆菌、绿脓杆菌等，偶见厌氧菌、真菌、真菌、病毒和原虫感染。绿脓杆菌、葡萄球菌感染多见于有尿路器械检查史或长期留置导尿管的患者。糖尿病和免疫功能低下时常伴发尿路真菌感染。