肺炎衣原体感染的治疗简单而有效，耐药不多见，但治疗时间要长，以防止复发和清除存在于呼吸道的病原体。主要为抗生素治疗，体外药敏实验提示四环素和红霉素是最有效的药物。因为肺炎支原体、军团菌、卡他布兰汉菌和肺炎衣原体作为呼吸道常见致病菌的认识逐渐增加，所以对社区获得性肺炎的经验性治疗常常首选红霉素，每次0. 5 克，每天4 次口服;另外可用多西环素，首剂0. 2 克，以后每次0. 1克，每天两次;四环素(不用于孕妇和儿童) ，每次0. 25～0. 5 克，每天4 次;口服疗程均为21天。重症或不能口服者可静脉给药。新生儿和婴儿的用量为红霉素40 毫克/ (千克体重·天) ，疗程为2～3 周。一般用药后24～48 小时体温下降，症状开始缓解。应当注意，即使用此疗法，部分病例仍可复发。如果没有禁忌，可进行第二疗程治疗。有报道，使用红霉素短于3 周容易复发，经四环素治疗两周尚未见复发。有学者认为，6 - 氧甲基红霉素可能为治疗衣原体感染最有效药物。近年来，有采用克拉霉素和阿奇霉素治疗肺炎衣原体感染的报道，其中阿奇霉素疗效优于克拉霉素，但临床应用经验尚少。用法:克拉霉素，每次0. 5 克，每天两次，疗程为21 天;阿奇霉素，第一天0. 5 克，后4 天每次0. 25 克，每天两次。亦可应用利福平每次0. 15 克，每天两次，罗他霉素每次0. 2 克，每天两次，罗红霉素每次0. 15 克，每天两次进行治疗。喹诺酮类新药如环丙沙星(环丙氟哌酸) 、氧氟沙星等药物在肺及支气管分泌物中浓度高，能穿透细胞壁，半衰期长，不仅对肺炎支原体、军团菌肺炎有效，对衣原体肺炎上有很好的治疗作用，可用于年长儿及成人。如氧氟沙星或托氟沙星(每次0. 2 克，每天两次，连续治疗10～14 天) 。磺胺异噁唑(磺胺二甲异噁唑)150 毫克/ (千克体重·天) ，每天两次，口服易耐受，组织穿透力强，可渗入到细胞内，且半衰期长达12～14 小时，对比研究表明治疗衣原体感染与红霉素同样有较好的疗效。抗生素疗程一定要充足，以防复发。如果红霉素的剂量大小，或疗程太短，常使全身不适、咳嗽等症状持续数月之久。