由于阿斯匹林可能与雷氏症候群有关，特别是同时感染到水痘或流行性感冒病毒，可能造成急性的脑病变和肝脏病变，甚至导致病患死亡。故近来在小儿科医界，多使用普拿疼等止痛解热剂来取代阿斯匹林。但对于川崎病的预防治疗，阿斯匹林的使用是必须的，使用方法大多采低剂量。因使用的剂量非常地低，几乎不会引发任何特殊的并发症。但无论如何，川崎病患者若接触到已经感染到水痘或流行性感冒的病人时，则需停止使用阿斯匹林1~2周，而以另一抗血小板药物暂时取代。川崎病的药物治疗除了阿斯匹林外，为避免大型冠状动脉瘤造成栓塞，可辅以使用抗凝血剂或其它抗血小板药物。
长期追踪可依据其冠状动脉变化有不同之建议：(一)若病患无合并冠状动脉异常或冠状动脉异常已消失，无需长期服用阿斯匹林或限制活动。只需由小儿科医师做不定期的追踪，并注意是否有复发的可能性。川崎病患的复发机率约为3%。(二)若合并轻度冠状动脉瘤，则需长期服用低剂量的阿斯匹林直到血管变化消失，并由小儿心脏科医师定期追踪，追踪检查以心电图及心脏超音波为主，有特殊必要才需做心导管检查。不必限制一般活动，但剧烈运动时仍应小心。(三)若合并巨大冠状动脉瘤，除需长期服用低剂量的阿斯匹林、抗凝血剂或其它抗血小板药物之外，也需由小儿心脏科医师定期做心电图及心脏超音波的追踪检查。如病患出现心绞痛、心肌缺氧表现时，则必须做心导管、核子医学等特殊检查。平时需控制饮食，减少高胆固醇食物的摄取。必须限制剧烈的活动。必要时，需做外科冠状动脉绕道手术以增加冠状动脉血流量。至于冠状动脉气球扩张术虽常使用于成人心脏科，但就目前而言，在婴幼儿期施行危险性仍高，必须谨慎考虑。
