肠结核患者应注意劳逸结合，避免劳累，应加强营养，进食富含多种维生素、蛋白质和热量的饮食；腹痛可口服阿托品0.3-0.6毫克、颠茄合剂10-15毫升；腹泻可口服止泻药及钙剂，严重腹泻者应注意维持和水电解质平衡。
抗结核治疗参见"肺结核"的标准化疗内容。
并发完全性肠梗阻、急性肠穿孔及增殖型肠结核应外科手术治疗。
